【精华】PubMed检索完全攻略

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第六章 谈MeSH Browser（医学主题词浏览器）
何为MeSH？
    MeSH其实是Medical Subject Headings的缩略词，即医学主题词，是用规范化的医学术语来描述生物医学概念。NIH的工作人员按MeSH词表规定，浏览生物医学期刊全文后标引出每篇文献中的MeSH主题词，其中论述文献中心的主题词称主要主题词（major topic headings），论述主题某一方面的内容的词称为副主题词。
那么为什么要使用医学主题词呢？
     我们先来看个比喻，如果有人问你感冒了吗？你会不会回答"没有啦，我只是有点着凉发烧而已"呢？当然不会，因为你知道感冒就是着凉发烧。但一个检索系统，如果你不告诉它的话，它就有可能不知道这一点。在期刊中，对于同一个概念往往可能有不同的描述形式，如Tumor和Neoplasm都是指肿瘤。当一个查询者希望查阅肿瘤和diet(饮食)相关的文献时，他可能会输入Tumor，也可能输入Neoplasm作为关键字，但其实这两者之间是没有区别的。一个愚蠢的检索系统可能就认识不到这点，而像PubMed这样的"智能化"检索系统就能够准确的意识到这点，从而不会造成检索结果的遗漏。
如何使用
    如果你希望使用医学主题词进行检索，可以从PubMed首页上点击PubMed Services下方的MeSH Browser即可进入以下界面。

                               
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     举例说明，如果你想要检索Neoplasms和bone的相关文献，首先在MeSH Browser的检索框内输入检索词Neoplasms，然后点击Browse按钮，系统显示其定义及在树状等级结构中的位置，如下图。

                               
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    如果需要的话，你可以选择Detailed display,如同所示：
     在这里，检索系统将显示详细的内容，可选择特定的副主题词，也可进行主要主题词或单个主题词检索，其选项如下：
    （1）Add the search to the following subheadings：点击副主题词前的方框，表示选中该副主题词，可连续选择多个词，它们之间的逻辑关系为OR。
    （2）Restrict Search to Major Topic headings only：若将检出结果限定在主要主题词（Major Topic Heading）则可提高查准率。
    （3）Do Not Explode this term：系统要检索某一主题词时，会自动扩展检索（Explode），即将该主题词的下位词一并检出。如果只需检索单个主题词，可点击此按钮。
    完成上述选项后，点击"Add"按钮，稍后在下一屏Current Query的方框中将显示所选的主题词。
    然后，我们再在MeSH浏览器内输入bone, 按检索按钮，系统会告诉你bone不是一个主题词，但它会自动将其转换成主题词Bone and Bones, 同样，其下方也会显示出其定义及在树状等级结构中的位置。你一样可以选择Detailed display以便进行更为精细的选择，选择完成后，点击"Add"按钮，则进入下面的界面。这时，你只需点击PubMed Search按钮即开始检索，查询出用这两个主题词为关键字以及所选择的相应逻辑关系的文献检索结果。

                               
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    总而言之，主题词检索法虽然稍嫌繁琐，但其检索结果的准确性高，遗漏率低，是最佳的检索方法，一旦熟练掌握，将使得我们的检索工作事半功倍。

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第七章 如何获取全文
    当很多人开始了解PubMed，并且逐渐得心应手的时候，都会面临一个棘手的问题，即如何获取全文？的确，PubMed真正向公众（public）免费开放的只是摘要部分，而绝大部分文章都没有全文提供。当然，最省事最直截了当的做法是在PubMed上花钱购买，但一篇文章动辄十几甚至几十美金，使很多医学工作者只好望而却步。其实，只要我们掌握一些技巧，还是有可能获得一些文章的全文的。笔者查阅文献数年，为获取全文也做了不懈努力，积累了一些经验供大家参考。
一、PubMed
    PubMed上约有5％的文献是可以免费看到全文的，通常这些文献的左上角会有一个Free Full Text的小标记。你只要点击这个图标，系统就自动链接入该文献的全文。但有两点值得注意的是，第一，很多时候，这个图标在PubMed处于显示简要（summary)状态下并不出现，而只有在选择显示摘要（abstract)时才出现。因此，如果你不只是泛泛浏览，而希望看到全文的话，我强烈建议你在display下拉菜单中选择摘要（abstract)状态。第二，有些时候，小图标上仅标着Full Text，而并没有Free字样，但仍然可以链接入全文，你不妨试一试。
二、免费提供全文的期刊
    天下没有免费的午餐，这句老话也不一定正确。有些期刊就提供全文免费检索。比如著名的美国Science(科学）杂志，以前国内很多高校、研究所的资料室都流传着Science杂志的影印本，印刷质量低劣，而且有盗版之嫌。后来Science的老板充分理解到中国的国情，干脆顺手做个人情，就与中国有关方面达成协议，使在中国大陆的读者都可以在网上免费看到Science的全文。
    方法如下：
     （1）先登录Science网址:http://intl.sciencemag.org 。注意，不是www.sciencemag.org,否则你得不到全文。
     （2）点击中间那个SEARCH按钮，就进入查询页了。你可以选择简单检索还是复杂检索。
     （3）输入您要找的关键词（不一定是MESH标准主题词），再点击search就可以了。
     （4）找出文章后，点击标题后的Full Text，就可以浏览原文了。
    除了Science， 其他一些期刊如美国科学院院报（PNAS)，Genetics等都可以在网上获取全文，甚至能够下载文献的pdf格式，这样就和真正在期刊上的排版形式一模一样了。一般而言，那些相应期刊的网址是以org为域名的，往往提供免费的全文。例如上面提到的两家期刊的网址就分别是：www.pnas.org ；www.genetics.org 。
    这里，我特别推荐一个提供免费全文的网站 High Wire Press。该网站号称拥有地球上最大最全的免费的科学文献全文数据库。输入网址http://intl.highwire.org/即可登录该网站，首页即列出几个生物医学相关栏目，包括：
    1、生命科学（包含：生物化学，细胞和分子生物学 / 微生物学与病毒学 / 免疫与免疫学 / 神经科学与神经生物学 / 生理学 / 植物学 / 其他生命科学 /）
    2、医学（包含：心血管医学 / 临床医学 / 精神病学与心理学 / 医学研究 /）
    3、自然科学
    以及其他科学栏目。
    你可以在这些栏目中选择自己需要的期刊。然后，你需要重点看一下该期刊后面的的说明信息，尤其是提供免费全文的方式，如 free ISSUES是在多长时间内可以享受免费索取原文，从5年到一个月不等。而 free TRIAL 是在限定时间内，可以免费提供原文。至于free SITE 则是可以完全免费获取全文的站点。
    当然，你也可以在检索框内输入关键字，然后点击首页右上方的 Search all journals ，你就可以在所有的224种期刊里查找文献了。不过由于所检索到的结果仅仅局限于这200多种期刊，因此你一定要记住绝对不能用此网站来代替PubMed，来 了解所研究课题的最新进展。我个人的建议是，先在PubMed上检索，而仅以High Wire Press作为获取全文的一个途径而已。
三、利用一些高校图书馆网站
    国内一些高等院校，尤其是一些名牌高校的图书馆经常和国外一些大的出版商签订协议，支付不菲的费用，从而可以检索并看到所有由这些出版商出版的期刊的全文。你可以就近到这些高校的图书馆的电子检索厅去检索，或者链接到大学图书馆的网站（如复旦大学图书馆的网址是www.library.fudan.edu.cn),然后通过该网站的链接进入相应的检索系统。可惜的是，从公众网到教育网之间的传输效率太低，很有可能等它等到你心痛，网页还是犹抱琵琶半遮面。
四、Free Medical Journals
    与High Wire Press相似，该网站也提供了免费各种可能搜集到的全文期刊的列表。网址是http://www.freemedicaljournals.com/htm/index.asp。 在这里，除了英文期刊，你还能检索到一些小语种的期刊全文。方法是在这个网站的左面是导航条，点击"Other Languages"，里面有：法语、德语、加泰罗尼亚语、荷兰语、希腊语、意大利语、挪威语、土耳其语、西班牙语和葡萄牙语等等。
五、向作者索要
    这种方法究竟效率如何，没有人统计过，不过在以上方法都没有用时不妨试一试。你可以根据作者的Email地址给作者去封信，先把对方的文章大大的吹捧一番，说它如何如何exciting，如何如何innovative，对自己的研究如何如何重要，然后说自己目前无法access to the full text，最后非常肯切地请求他能否通过email把全文寄来。这里，我有两条重要的建议。第一，不要简单的套用所谓的书信模板，应该多谈一谈你现在的研究内容以及对方的文章对自己的研究的重要性。这样才有可能引起作者的兴趣，不至于因为千篇一律而被对方直接删除到垃圾箱里。我总结的另一个技巧是，向第一作者而不是通信作者要全文。为什么这样说呢？我们知道，一篇医学文献往往有好几个作者。文献上有一个所谓的通信作者，通常是该实验室的老板。既然是老板，往往各种应酬套磁自然颇多，每天email信箱里的信杂七杂八一大堆，他的私人秘书只会挑选出一些重要的信件，而那些明显无关紧要的讯问信件自然就遭受冷落了。而文献的第一作者，即该实验的主要承担者，应酬不会那么多，有email来讯问或索取文献也乐于答复。那么又如何知道第一作者的email地址呢？其实这很容易，你只要到PubMed上显示出文献摘要，上面亦包括作者的单位，然后从google上找到该单位网址，从网站上通常就不难查找到作者的通信方法。笔者就曾经多次用这种方法获取过全文，第一作者有一半以上都及时给予了答复，而通信作者大部分都有如石沉大海。
六、作者主页
    有些作者会在他们的个人主页或实验室主页上放上所发表论文的全文，你也可以去看看。我就曾经为查找一篇文献的全文尝试了各种方法，最后竟然就在其作者的主页上意外地发现了。大有踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫之感觉。
    当然，尽管在网络化生存的世界里，你也不要忘记最传统的办法，即到图书馆、资料室去查阅期刊文献，闻闻印刷品的特殊香味，聆听哗哗的翻页声，这些都是网络世界中无法体验的独特感受。

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第八章 期刊浏览器、引文匹配器及其他浏览器的使用
    在PubMed首页PubMed Services下方，点击Journal Browser按钮即进入期刊浏览器的界面。

                               
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     在检索框中你可输入刊名全称、MEDLINE 的期刊缩写或国际标准期刊号（ISSN），然后点击"Go"按钮，便可获得上述信息。此外通过journals with links to full-text web sites，便可链接入所有与PubMed建立链接的生物医学期刊列表。这一期刊列表不断更新，目前约有两千六百多种，每一期刊后面列出其相应的MEDLINE 标准缩写形式，这在当你发表文章列参考文献时还是很有用的。后面还可链接入期刊的全文，只是大多是收费的。
     同样在PubMed首页PubMed Services下方，还有Single Citation Matcher（引文匹配器） 和Batch Citation Matcher。有不少人以为Citation Matcher（引文匹配器）只是一些辅助功能，甚至用了数年PubMed也没有尝试去了解它。其实使用引文匹配器，绝对能够大大提高你的工作效率。我举一个最简单的例子。在查找文献的过程中，我们可能每个人都遇到过下面的情形，如记得某篇文献所发表的期刊和作者，但不太清楚它具体的标题，或是隐约记得标题中的某个词和作者等等。这时候，当然你可以尝试用复杂检索模式去搜索，但通常不容易准确定位，而如果用Citation Matcher（引文匹配器）一切就可迎刃而解了。你在Citation Matcher界面中对应的框内输入你所知道的信息（见下图），不知道的就空在那儿，然后按"search"按钮就可以迅速得到结果，很少会有出入。需要特别说明的是，作者姓名的格式一定要符合标准，否则将会检索不到结果。此外，如输入Smith j将会同时检索出Smith ja, Smith jb, Smith jc等等作者的文献，如果出现这种情况的话，你应该把Smith j置于引号中，即"Smith j"，然后再进行检索就可以避免这种偏差了。
     此外，当你要投稿时，一定会需要整理参考文献，使之格式符合相应期刊的要求，一篇长的论文往往可能有数十篇参考文献，如果你手工输入的话，不仅费时费力，而且极易出错，我劝你赶紧放弃这种吃力不讨好的事情吧，在PubMed的引文匹配器，你只需随意输入已知的信息，便可以迅速获得文献的刊名、出版日期、卷、期、页次、著者等，而且都是标准格式，只需拷贝粘贴过来就可以了。  

                               
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    Clinical Queries（临床问题）

                               
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    这是专门为临床医生设计的搜索引擎，在Clinical Queries的主页上列有临床医生常用的类目，如therapy（治疗）、diagnosis（诊断）etiology、（病因）和prognosis（预后）。检索的方法并没有什么特殊的，只需在检索框内输入检索词，然后点击上述类目即可。
    Clinical Queries提供Sensitivity（检出相关文献）和Specificity（检出密切相关文献）两种检索方式。
    需要特别说明的是，Clinical Queries利用内在的滤器使其检索结果更加贴近临床的需要，包括临床的诊疗等。但如果你需要查阅的并不仅仅局限于临床，也包括基础研究，就不应该使用这个检索引擎。

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第九章 精确导航系统--谈Limits用法
    从一个拥有上千万篇文献的检索引擎上去查找某些文献，就好像是大海捞针。而PubMed 所提供的种种功能、服务，目的正是为了方便我们能够尽可能快速准确的查找到所需要的文献。Limits就是其中一个非常重要的功能键。我们在前面的高级检索技巧中曾经简要的介绍 了Limits所包含的内容，在这一章，你将会进一步对Limits进行全面详尽的了解。
    在PubMed首页上的特征栏上，单击"Limits"按钮，进入Limits设置界面，如图所示：

                               
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     在这里，你可以限制你的文献检索结果，包括年龄组、性别、人类或动物学、文献的语种、文献类型以及出版日期等等。你还可以进行设定使检索只在某一特定的数据库子集内进行，例如艾滋病相关文献或护理学期刊等等。显而易见的是，如果能够熟练的使用Limits功能，将会使你迅速找到目的文献，具备大海捞针的本领。
     在详细介绍Limits之前，需要说明一点的是，必须确定在Limits按钮前面的方框内已经打上钩（见下图），才表示你所设定Limits对检索结果起作用。否则，你可不要抱怨为什么设置了Limits却什么效果也没有。

                               
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    如果需要的话，你可以选择Detailed display     
Field Selection
    • 在这里，你可以把你的检索条目限制于某一特定的区域，如文献的作者，标题等等。比如你或许会希望查找仅在标题中含有你输入的关键字的文献，那么你就选择title区域。系统缺省将检索所有的区域。
    在Field Selection 左边有一个可选框"Only Items with Abstracts"，如果选中这个选项，你便把检索结果限定于那些拥有摘要的条目中。在PubMed， 1975年以前出版的文章是没有摘要的，此外1975年以后的部分文章如Science上的不少文献等也没有摘要。（但利用 "如何获取全文"一章中介绍的技巧，你便可以看到 Science的摘要乃至全文）。
Publication Types
    众所周知，正式的学术文献形式多种多样，如临床试验报告，社论，通信，综述等。你可以在此进行设置，选择特定的文章类型，包括：
    • Clinical Trial
    • Editorial
    • Letter
    • Meta-Analysis
    • Practice Guideline
    • Randomized Controlled Trial
    • Review
    我个人感觉一个非常有用的文章类型是Review(综述)，尤其是当你对一个领域还不太清楚，需要有个总体的概念时，查阅Review(综述)而不是研究性论文，将是一个捷径。
Languages
    PubMed 所包含的期刊，涉及到近40种语言，在 languages 下拉框中列出了几种检索频率较高的语言:
    • English
    • French
    • German
    • Italian
    • Japanese
    • Russian
    • Spanish
Ages  和 Gender
    • 呵呵，Ages可不是让你选择作者的年龄，而是设置那些人类研究文献的年龄组范围。
    同样，Gender（性别）也是供你设定人类研究对象的性别。
Human or Animal
    这个选项供你选择研究对象，是人还是动物。
Subsets
    这是一个非常有用的选项，在Subsets（子集）中，你可以将检索的文献限制于某个特定的子集，而避免其他无用信息的干扰。这些子集包括：
    • Citation Status Subsets: 引文状态子集。包括MEDLINE, 正在处理中的记录，和出版商.（注：PubMed包括以下三部分内容：MEDLINE：收录1966年以来70多个国家3900多种生物医学期刊。内容每周更新，涉及临床、基础医学、护理学、牙科学、兽医学、药理学、环境和公共卫生等专业。PREMEDLINE：每天收录未经引的生物医学期刊中的新记录，每星期经MeSH（Medical Subject Headings）词表标引后，转入MEDLINE，并从PREMEDLINE中删除。PREMEDLINE的记录都标在[MEDLINE record in process]。其它相关数据库： Publisher Supplied Citations出版商直接制PubMed递送的电子记录，每条记录均标有[Record as supplied by publisher]，该记录一旦被PREMEDLINE，括号内的话随之消失。出版商往往提供刊物中所有文献记录，但MEDLINE并非每篇都收录，如该记录不属MEDLINE收录范围，则将永远保留在PREMEDLINE中。）
    • Journal Subsets: 期刊子集，如 Core clinical journals (核心临床期刊), 牙科，护理等子集。
    • Subject Subsets: 主题子集，如艾滋病，毒理学，生物伦理，空间生命科学等等。
Publication Dates
    PubMed 包含的引文可以一直追溯到1966年，并且每天不断更新。在Publication Date这一栏中，你可以输入要查阅的文献的日期范围。注意日期的输入要遵循一定的格式，即 YYYY/MM/DD; 其中月和日是可省略的, 例如, 2001/04/06, or 1999/07, or 2001。

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第十章 听候差遣的秘书 --History, Clipboard功能键介绍
    在前面的章节中，我们已经详细的介绍了Limits和Preview/Index功能键的应用。 相比之下，这一节中介绍的两个功能键似乎不如上面两个重要，有很多人甚至从来没有想过点击一下去看看究竟有什么功能。但以我们的经验，熟悉这几个辅助功能键的作用，在很多情况下能给我们的检索工作带来便利。事实上，真正的PubMed高手往往将这几个功能键的使用贯穿于整个检索过程，因为它们就像一群随时听候差遣的秘书，为你提供最满意的服务。
History
    在你每次开始检索时，PubMed就将你的检索策略和结果自动保存在History（历史）中。你只需点击History功能键即可浏览到这些信息。从下图中可以看到，History界面中列出了你所有检索过的条目，时间，检索细节以及检索的结果。

                               
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     History最多保存100个检索条目，一旦达到这个数字，PubMed会自动将最早的一个条目删除。当然你也可以点击Clear History键清除History中的所有条目。此外，如果你打开的PubMed（或者Entrez提供的其他数据库）有一个小时都没有任何检索动作，系统也会自动清空历史。然而，这些都不是最主要的，你可能更关心History究竟能够为我们提供什么便利。
     首先，显而易见的是，通过History，我们可以对本次检索过程一目了然，你只要点击每个条目后面的Results，就可以直接看到该条目的检索结果。
更重要的是，你可以根据History所提供的信息，决定如何进一步调整检索策略，以便得到尽可能满意的结果。以上图为例，你发现在9:23分的那次检索中，用chicken, pox,vaccine为关键字，Limits中设置为英语和综述，得到了113条结果。但你可能发现其实你的研究主要以儿童为对象，需要进一步对此加以限制，那么你该怎么办呢？其实在History中非常简单，只需在检索框里输入那次检索对应的序列号#3，AND child。这就表示其他检索条件不变，仅在原来基础上增加了一个关键字child。这样是不是很方便呢？同样，如果你希望把某两次检索条件合并去重新检索（如#2和#6），只要输入#2 AND #6即可。
     需要特别强调的一点是，如果你发现你的系统不能使用History，那么很可能是因为你的浏览器设置成Disable Cookies。遇到这种情况，只要到浏览器的功能设置界面中取消这一限制即可。
Clipboard
     利用Clipboard（剪切板），你能够将多次检索的结果保存在一起，以供将来保存、打印或者定购全文。
     当你开始检索并进入显示结果的页面时，就可以选择需要的条目（将所需要的条目前的复选框选中），然后点击加入剪切板（Add to clipboard），PubMed就把选中的内容保存入剪切板，而此时那些被保存下来的条目序号也变成绿色。剪切板中最大的保存数目是500条。如果你连续在PubMed或其他Enterz数据库中不进行任何操作达1小时，剪切板中的内容将会消失。

                               
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    点击Features Bar（特征条）上的Clipboard则可以查看剪切板中的内容，如果要删除剪切板中的某些条目，先将其左面的复选框选中，然后点击Remove from clipboard按钮；要想清空剪切板，不选任何条目，单击Remove from clipboard按钮。
    如果要保存剪切板中的内容，首先选择一种显示方式，选中你想要的条目（如果想保存所有的条目，则哪个也不选），点击Save按钮即可。