【精华】PubMed检索完全攻略

xyz-cn99

第一章 进入PubMed魔法学校--PubMed 概述
    有位退休的老教授不止一次的向我感叹："你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在……。"趁他打顿的时候，我告诉他，"快的话，可能只要3秒钟"。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。
我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。
尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。
   

                               
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    俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯，不知道我们是否也有必要每次使用PubMed前都感谢NCBI呢？
   PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，通常而言，这已经足够早了，很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然，研究生物医学史的工作者可能是个例外。而最新的文献几乎就在此时此刻。与PubMed挂钩的出版商会自动向PubMed提供最新的文献摘要，而往往在这个时候文献还没有正式出版。所以尽管生物医学的文章从被期刊接受到出版往往要好几个月的时间，但借助于PubMed，我们仍旧可以随时掌握最新的动向，从而大大有利于自己的临床和研究工作。还有些出版商通过PubMed提供文献的全文，有时甚至是免费的，这样，我们就可以在PubMed上真正享受"坐拥书城"的感觉了（关于如何获取全文将在以后的章节中详述）。
    进入PubMed的主界面后， 首先映入我们眼帘的就是页面上方的检索框和功能键（如下图）。

                               
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    这是PubMed的核心部分。大部分工作，我们只要利用这"一框五键"（检索框，Limit键, Preview/Index键, History键，Clipboard键和Details键）即可完成。

                               
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在主界面的左侧框（如左图），有：
· Journal Browser 期刊浏览
· MeSh Browser可以用它来分层流览MeSH表
· Single Citation Matcher输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。
· Batch Citution Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。
· Clinical Queries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：治疗、诊断、病原学与预后。
· Old PubMed (使用旧式的PubMed查询方式)
3) Related Resources
· Order Documents可以使用户在当地得到文献的全文， 但这是要收费的，至于如何免费获得文献全文，我将在后面的有关章节中详述。
· Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的链接。Grateful Med也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。
· Consumer Health提供与MEDLINEplus的链接，MEDLINEplus是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。
· Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。

利用左侧框的这些服务，我们不仅能够进行功能更加强大的检索，而且还能得到不少非常有用的服务。这些都将在后续章节中介绍。
   总体而言，PubMed的界面相当简洁清晰，几乎是傻瓜式的。
   然而傻瓜式的界面并不意味着傻瓜式的操作。我看到很多人用了几年的PubMed，还是只知道在检索框里输入一个关键字，然后按一下"Go"按钮这样一种单一原始的检索方式。虽然有一半左右的情况，这样的操作就足以得到令人满意的信息，但对于另一半情况，就没有那么幸运了，要么你真正所需的信息湮没在大量纷繁芜杂的"无用"信息中，要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。
   令人费解的是，很多医务工作者宁可在每次检索时都花上成倍的时间，却不愿花上几个小时的时间去认真研究一下PubMed。"君欲善其事，必先利其器"， PubMed就好像一把功能强大的枪，你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹，更重要的是，你要知道如何利用准星瞄准，如何把这把枪的功能发挥到及至。
   在以后的章节中，我们将逐步深入地了解PubMed，相信通过这些章节的学习，我们可以真正熟练掌握PubMed，从而使自己的工作事半功倍。

笑笑医生

楼主，真的不知道该怎么感谢你了。太有用了

卡卡

非常感谢，又仔细的学习了一遍，收藏了，呵呵

快乐的ANDY

12# xyz-cn99 非常感谢

baggio82923

{:3_46:}感谢祥子，辛苦了！！！

songhailong

好！非常有帮助！

hongjiageng

本人正不会怎么用，，好好学习一下。。。。谢谢楼主

bipfriend

于我心有慽慽焉！
偶觉得要利用好电脑，有完善的os知识+搜索引擎的高级搜索技巧，可以在网络世界里行走"绰绰乎有余”，或谓“游刃有余”。
  管理员，信不我欺也！

genine

多谢你的资源，受用匪浅！

麻不麻

太好了!先藏起来!不过我没找到save键呀

xyyx618

辛苦了祥子，非常详尽！！！

xyz-cn99

第十二章 保存，打印及其他
    在前面的章节中，我们由浅入深的介绍了PubMed的各种检索技巧，以便于我们迅速准确的查询到所需要的文献。一旦找到，那么接下来的任务就是把检索结果保存或者打印出来，供我们日后仔细阅读。有不少人在浏览器中采用"全选"，然后"另存为"的办法，但往往无法准确保存页面。其实PubMed早就为你考虑到了这一点。
Save (保存)
    如果需要保存查询结果，先在Display下拉菜单中选择所需显示格式，选择所需保存的条目，然后点击"Save"按钮。而如果你没有选定任何一个条目，直接点击"Save"按钮，系统将保存所有检索得到的条目，但至多不超过10000条，一旦你想保存的超过这个书目的内容，PubMed将显示一条提示你修改查询的信息。
    如果你需要保存多次检索的内容，建议你使用Clipboard（剪切板）功能。方法如下：
    1． 使用Add to Clipboard（添加到剪切板）功能把每次检索结果或所选择的条目加入剪切板。
    2． Clipboard（剪切板）最多可包含500个条目。
    3． 当你把所需要的条目都添加至Clipboard后，在Display下拉菜单中选择格式。
    4． 点击Save。系统会提示你选择该文件的存放位置，并为该文件命名。我建议大家使用以TXT为后缀的文本文件格式，因为这样便于在不同的文本处理程序中阅读，如simpletext,word等。
Printing （打印）
Printing （打印）过程与Save (保存)很相似，在此不再赘述。你当然也可以先把查阅到的文献条目保存成文本文件，然后在文本处理程序中调整后再进行打印。这样或许可以节省你不少纸张。
至此，我们已经介绍完了PubMed的主要检索技巧及其常用的功能键，利用这些技巧，你将如虎添翼，不再会为检索文献而烦恼。最后，我还想告诉大家PubMed其实还有更加丰富多彩的内容等着你去挖掘，如下图所示的MEDLINE PLUS。

                               
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     在这里，你可以查阅各种健康疾病相关的主题，医药信息。还有一部非常完善的在线医学词典。此外，你还可以浏览到很多有用的健康新闻。
     的确，正像一位颇有建树的医生所建议的，掌握PubMed应该成为现在医务工作者的必备基本功之一。

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第十一章 链接与包厢服务 相关PubMed 文章链接（Related PubMed Articles Link）
    细心一点的用户一定早已注意到在检索结果中，每一个条目的右面都有一个Related Articles（相关文章）的链接。点击这个按钮，PubMed自动把数据库中的文献与该条目的标题、摘要和医学主题词进行比较，从而得出与该条目相关的文献条目，并且按照相关系数由高到低的顺序排序。
    这其实是一个很有用的功能。 因为我们在检索时，自己输入的关键字常常可能并不十分贴切，导致无法得到所有相关的文献。常见的一种情况是，我们在几十个检索结果中浏览时，突然发现有某一篇才是我们真正想要的，这时，你不妨点击其右面的Related Articles键，让系统自动去对比，从而得到更多的相关文章。
    但值得提醒的是，用Related Articles功能得到的文献并不受Limits键影响。比如，你开始检索时要求是英文文献，在当由Related Articles链接入相关文献时，则不受此限制，可能出现法文等其他语种的文献。那么，我们是否可以对此加以限制呢？其实，我们只要应用前面介绍过的History（历史）功能键就可以了。点击History，你会查到所有你检索过的条目，包括相关链接，标记为 "Link to PubMed from XX." ，你只要在检索框中输入其相应的序列号，再加上限制词即可。如#3 AND english [la] ；#14 AND 1996:1999 [dp]等等，就分别表示对#3的结果再次筛选，只要其中的英文文献；而#14只要从1996年到1999年之间的文献。
LinkOut功能

                               
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     LinkOut功能允许你在PubMed中检索时，也能链接入那些与PubMed建立联系的网站，如某篇文献所对应期刊的出版商，文献全文等等。有LinkOut的文献会在其条目或摘要的旁边显示一个出版商的图标，点击这个图标即可链接进入该出版商的网站。
Cubby（包厢服务）
    从PubMed主页上面的点击Cubby，便进入了一个为你提供个性化服务的窗口。首先，你需要注册，获得一个用户名和密码。注册成功后，即可登录开始享受为你度身定制的包厢服务了。
那么，利用Cubby到底能够为你提供那些服务呢？最主要的功能是，它可以存储你的检索信息。步骤如下：
    1． 运行或者预览你的检索。利用Cubby就可以存储你检索时所使用的关键字和限制方法。
    2． 点击Cubby，系统将显示你检索时的信息。
    3． 在Store in Cubby键钮上方的框内为本次检索命名，例如"Headaches in Preschool Children", "Dr. Johnson's Arthritis Update"等等。
    4． 点击Store in Cubby键钮。

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第十章 听候差遣的秘书 --History, Clipboard功能键介绍
    在前面的章节中，我们已经详细的介绍了Limits和Preview/Index功能键的应用。 相比之下，这一节中介绍的两个功能键似乎不如上面两个重要，有很多人甚至从来没有想过点击一下去看看究竟有什么功能。但以我们的经验，熟悉这几个辅助功能键的作用，在很多情况下能给我们的检索工作带来便利。事实上，真正的PubMed高手往往将这几个功能键的使用贯穿于整个检索过程，因为它们就像一群随时听候差遣的秘书，为你提供最满意的服务。
History
    在你每次开始检索时，PubMed就将你的检索策略和结果自动保存在History（历史）中。你只需点击History功能键即可浏览到这些信息。从下图中可以看到，History界面中列出了你所有检索过的条目，时间，检索细节以及检索的结果。

                               
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     History最多保存100个检索条目，一旦达到这个数字，PubMed会自动将最早的一个条目删除。当然你也可以点击Clear History键清除History中的所有条目。此外，如果你打开的PubMed（或者Entrez提供的其他数据库）有一个小时都没有任何检索动作，系统也会自动清空历史。然而，这些都不是最主要的，你可能更关心History究竟能够为我们提供什么便利。
     首先，显而易见的是，通过History，我们可以对本次检索过程一目了然，你只要点击每个条目后面的Results，就可以直接看到该条目的检索结果。
更重要的是，你可以根据History所提供的信息，决定如何进一步调整检索策略，以便得到尽可能满意的结果。以上图为例，你发现在9:23分的那次检索中，用chicken, pox,vaccine为关键字，Limits中设置为英语和综述，得到了113条结果。但你可能发现其实你的研究主要以儿童为对象，需要进一步对此加以限制，那么你该怎么办呢？其实在History中非常简单，只需在检索框里输入那次检索对应的序列号#3，AND child。这就表示其他检索条件不变，仅在原来基础上增加了一个关键字child。这样是不是很方便呢？同样，如果你希望把某两次检索条件合并去重新检索（如#2和#6），只要输入#2 AND #6即可。
     需要特别强调的一点是，如果你发现你的系统不能使用History，那么很可能是因为你的浏览器设置成Disable Cookies。遇到这种情况，只要到浏览器的功能设置界面中取消这一限制即可。
Clipboard
     利用Clipboard（剪切板），你能够将多次检索的结果保存在一起，以供将来保存、打印或者定购全文。
     当你开始检索并进入显示结果的页面时，就可以选择需要的条目（将所需要的条目前的复选框选中），然后点击加入剪切板（Add to clipboard），PubMed就把选中的内容保存入剪切板，而此时那些被保存下来的条目序号也变成绿色。剪切板中最大的保存数目是500条。如果你连续在PubMed或其他Enterz数据库中不进行任何操作达1小时，剪切板中的内容将会消失。

                               
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    点击Features Bar（特征条）上的Clipboard则可以查看剪切板中的内容，如果要删除剪切板中的某些条目，先将其左面的复选框选中，然后点击Remove from clipboard按钮；要想清空剪切板，不选任何条目，单击Remove from clipboard按钮。
    如果要保存剪切板中的内容，首先选择一种显示方式，选中你想要的条目（如果想保存所有的条目，则哪个也不选），点击Save按钮即可。

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第九章 精确导航系统--谈Limits用法
    从一个拥有上千万篇文献的检索引擎上去查找某些文献，就好像是大海捞针。而PubMed 所提供的种种功能、服务，目的正是为了方便我们能够尽可能快速准确的查找到所需要的文献。Limits就是其中一个非常重要的功能键。我们在前面的高级检索技巧中曾经简要的介绍 了Limits所包含的内容，在这一章，你将会进一步对Limits进行全面详尽的了解。
    在PubMed首页上的特征栏上，单击"Limits"按钮，进入Limits设置界面，如图所示：

                               
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     在这里，你可以限制你的文献检索结果，包括年龄组、性别、人类或动物学、文献的语种、文献类型以及出版日期等等。你还可以进行设定使检索只在某一特定的数据库子集内进行，例如艾滋病相关文献或护理学期刊等等。显而易见的是，如果能够熟练的使用Limits功能，将会使你迅速找到目的文献，具备大海捞针的本领。
     在详细介绍Limits之前，需要说明一点的是，必须确定在Limits按钮前面的方框内已经打上钩（见下图），才表示你所设定Limits对检索结果起作用。否则，你可不要抱怨为什么设置了Limits却什么效果也没有。

                               
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    如果需要的话，你可以选择Detailed display     
Field Selection
    • 在这里，你可以把你的检索条目限制于某一特定的区域，如文献的作者，标题等等。比如你或许会希望查找仅在标题中含有你输入的关键字的文献，那么你就选择title区域。系统缺省将检索所有的区域。
    在Field Selection 左边有一个可选框"Only Items with Abstracts"，如果选中这个选项，你便把检索结果限定于那些拥有摘要的条目中。在PubMed， 1975年以前出版的文章是没有摘要的，此外1975年以后的部分文章如Science上的不少文献等也没有摘要。（但利用 "如何获取全文"一章中介绍的技巧，你便可以看到 Science的摘要乃至全文）。
Publication Types
    众所周知，正式的学术文献形式多种多样，如临床试验报告，社论，通信，综述等。你可以在此进行设置，选择特定的文章类型，包括：
    • Clinical Trial
    • Editorial
    • Letter
    • Meta-Analysis
    • Practice Guideline
    • Randomized Controlled Trial
    • Review
    我个人感觉一个非常有用的文章类型是Review(综述)，尤其是当你对一个领域还不太清楚，需要有个总体的概念时，查阅Review(综述)而不是研究性论文，将是一个捷径。
Languages
    PubMed 所包含的期刊，涉及到近40种语言，在 languages 下拉框中列出了几种检索频率较高的语言:
    • English
    • French
    • German
    • Italian
    • Japanese
    • Russian
    • Spanish
Ages  和 Gender
    • 呵呵，Ages可不是让你选择作者的年龄，而是设置那些人类研究文献的年龄组范围。
    同样，Gender（性别）也是供你设定人类研究对象的性别。
Human or Animal
    这个选项供你选择研究对象，是人还是动物。
Subsets
    这是一个非常有用的选项，在Subsets（子集）中，你可以将检索的文献限制于某个特定的子集，而避免其他无用信息的干扰。这些子集包括：
    • Citation Status Subsets: 引文状态子集。包括MEDLINE, 正在处理中的记录，和出版商.（注：PubMed包括以下三部分内容：MEDLINE：收录1966年以来70多个国家3900多种生物医学期刊。内容每周更新，涉及临床、基础医学、护理学、牙科学、兽医学、药理学、环境和公共卫生等专业。PREMEDLINE：每天收录未经引的生物医学期刊中的新记录，每星期经MeSH（Medical Subject Headings）词表标引后，转入MEDLINE，并从PREMEDLINE中删除。PREMEDLINE的记录都标在[MEDLINE record in process]。其它相关数据库： Publisher Supplied Citations出版商直接制PubMed递送的电子记录，每条记录均标有[Record as supplied by publisher]，该记录一旦被PREMEDLINE，括号内的话随之消失。出版商往往提供刊物中所有文献记录，但MEDLINE并非每篇都收录，如该记录不属MEDLINE收录范围，则将永远保留在PREMEDLINE中。）
    • Journal Subsets: 期刊子集，如 Core clinical journals (核心临床期刊), 牙科，护理等子集。
    • Subject Subsets: 主题子集，如艾滋病，毒理学，生物伦理，空间生命科学等等。
Publication Dates
    PubMed 包含的引文可以一直追溯到1966年，并且每天不断更新。在Publication Date这一栏中，你可以输入要查阅的文献的日期范围。注意日期的输入要遵循一定的格式，即 YYYY/MM/DD; 其中月和日是可省略的, 例如, 2001/04/06, or 1999/07, or 2001。

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第八章 期刊浏览器、引文匹配器及其他浏览器的使用
    在PubMed首页PubMed Services下方，点击Journal Browser按钮即进入期刊浏览器的界面。

                               
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     在检索框中你可输入刊名全称、MEDLINE 的期刊缩写或国际标准期刊号（ISSN），然后点击"Go"按钮，便可获得上述信息。此外通过journals with links to full-text web sites，便可链接入所有与PubMed建立链接的生物医学期刊列表。这一期刊列表不断更新，目前约有两千六百多种，每一期刊后面列出其相应的MEDLINE 标准缩写形式，这在当你发表文章列参考文献时还是很有用的。后面还可链接入期刊的全文，只是大多是收费的。
     同样在PubMed首页PubMed Services下方，还有Single Citation Matcher（引文匹配器） 和Batch Citation Matcher。有不少人以为Citation Matcher（引文匹配器）只是一些辅助功能，甚至用了数年PubMed也没有尝试去了解它。其实使用引文匹配器，绝对能够大大提高你的工作效率。我举一个最简单的例子。在查找文献的过程中，我们可能每个人都遇到过下面的情形，如记得某篇文献所发表的期刊和作者，但不太清楚它具体的标题，或是隐约记得标题中的某个词和作者等等。这时候，当然你可以尝试用复杂检索模式去搜索，但通常不容易准确定位，而如果用Citation Matcher（引文匹配器）一切就可迎刃而解了。你在Citation Matcher界面中对应的框内输入你所知道的信息（见下图），不知道的就空在那儿，然后按"search"按钮就可以迅速得到结果，很少会有出入。需要特别说明的是，作者姓名的格式一定要符合标准，否则将会检索不到结果。此外，如输入Smith j将会同时检索出Smith ja, Smith jb, Smith jc等等作者的文献，如果出现这种情况的话，你应该把Smith j置于引号中，即"Smith j"，然后再进行检索就可以避免这种偏差了。
     此外，当你要投稿时，一定会需要整理参考文献，使之格式符合相应期刊的要求，一篇长的论文往往可能有数十篇参考文献，如果你手工输入的话，不仅费时费力，而且极易出错，我劝你赶紧放弃这种吃力不讨好的事情吧，在PubMed的引文匹配器，你只需随意输入已知的信息，便可以迅速获得文献的刊名、出版日期、卷、期、页次、著者等，而且都是标准格式，只需拷贝粘贴过来就可以了。  

                               
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    Clinical Queries（临床问题）

                               
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    这是专门为临床医生设计的搜索引擎，在Clinical Queries的主页上列有临床医生常用的类目，如therapy（治疗）、diagnosis（诊断）etiology、（病因）和prognosis（预后）。检索的方法并没有什么特殊的，只需在检索框内输入检索词，然后点击上述类目即可。
    Clinical Queries提供Sensitivity（检出相关文献）和Specificity（检出密切相关文献）两种检索方式。
    需要特别说明的是，Clinical Queries利用内在的滤器使其检索结果更加贴近临床的需要，包括临床的诊疗等。但如果你需要查阅的并不仅仅局限于临床，也包括基础研究，就不应该使用这个检索引擎。